追加パッケージの atom-beautify を使います。
2019/03/16時点で、約600万DLされているパッケージですので、信頼性も抜群です。
JavaScript、CSS、HTML、だけでなくSwift、C++、C#、Rubyなど、大量の言語に対応しています。
導入手順
Preferences ➔ Install ➔ Search for atom-beautify
使い方
インストール後、エディタ上で右クリックBeautify editor content を選択。
ショートカットキーは Control +Option + B