そもそも、直前のDOMDocument::load($filepath);のインスタンス生成で失敗している可能性。
XMLファイルにパーミッションが正しく設定されているかを確認する。
PHP Fatal error: Call to a member function getElementsByTagName() on boolean in /var/usr/local/app.php on line 999
$dom = DOMDocument::load($filepath);
$top = $dom->getElementsByTagName(“top”); ＜＜ここでエラー発生しているが、実際はその上で失敗してる。
対策
chmodでパーミッションを追加した。